Вследствие близкородственного скрещивания многие породы склонны к наследственным заболеваниям: гемофилия, эпилепсия, болезни сердца, дисплазия тазобедренного сустава и др. При этом у собак наблюдаются ослабление иммунной системы, снижение плодовитости, переутончённость скелета и многие другие проблемы со здоровьем. Например, боксёры, золотистые ретриверы, доберманы-пинчеры, шотландские терьеры, бобтейлы подвержены к опухолям головного мозга. Собаки подвержены различным инфекционным заболеваниям. Возбудители некоторых из них являются общими для собак и человека. Собаки могут быть переносчиками опасных паразитарных болезней человека, в том числе смертельных. Наиболее опасное заболевание передающиеся человеку - бешенство, может привести к смертельному исходу. Существуют сыворотки против многих инфекционных болезней. Следует каждый год прививать своих животных от бешенства и других заболеваний. Наиболее опасная вирусная болезнь, однако не передающееся другим домашним животным и человеку - чума плотоядных. Собаки чувствительны к теобромину, который содержится в шоколаде. Даже небольшое количество горького шоколада может вызвать серьёзные последствия, вплоть до летального исхода.