Недостаточное знание специфики питания амфибий и рептилий и несоблюдение его норм и правил в большинстве случаев приводит к развитию разнообразных болезней нарушенного питания и обмена веществ. Как правило, это гиповитаминозы - состояния, характеризующиеся недостатком одного или нескольких витаминов. Авитаминозы, т. е. полное отсутствие в организме того или иного витамина, у амфибий и рептилий встречаются редко, так как животное обычно погибает до этого - на фоне какого-либо осложнения гиповитаминоза. Гипервитаминозы - состояния обратные гиповитаминозам - так же редки и встречаются только при превышении допустимых дозировок лечебных витаминных препаратов. Из гиповитаминозов у амфибий и рептилий обычно встречаются: гиповитаминоз A, D и группы В. Гиповитаминоз С так же весьма распространен, но, учитывая, что он проявляется в фазе присоединения какого-либо инфекционного заболевания, чаще стоматита, его редко рассматривают как самостоятельное заболевание, а лечение в большей степени направлено на следствие, чем на первопричину.
Кроме недостатка витаминов, при несоблюдении норм и правил питания у амфибий и рептилий могут возникать заболевания на почве дисбаланса или недостатка отдельных минеральных веществ. Из макроэлементов это чаще всего дисбаланс кальция и фосфора, обычно являющийся не самостоятельным заболеванием, а одним из звеньев гиповитаминоза D. Соответственно клиника его рассматривается в клинике рахита. Среди микроэлементов, недостаток которых приводит к развитию заболеваний у амфибий и рептилий, на первом месте стоит йод.